Khi thành lập Trường, Đoàn Thanh niên sinh hoạt trong chi đoàn cơ quan Trung ương Hội Liên hiệp Phụ nữ Việt Nam. Năm 1973, Chi đoàn thanh niên nhà trường được thành lập, trực thuộc Đoàn thanh niên cơ quan Trung ương Hội Liên hiệp Phụ nữ Việt Nam với 9 đoàn viên. Đến năm 1979, Đoàn thanh niên nhà trường trở thành Đoàn cơ sở trực thuộc Quận Đoàn Đống Đa, thành phố Hà Nội, gồm 6 chi đoàn với gần 300 đoàn viên.

 Từ năm 2000, với số lượng đoàn viên theo quy định độ tuổi, các đoàn viên của Trường sinh hoạt tại Chi Đoàn thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh cơ quan Trung ương Hội Liên hiệp Phụ nữ Việt Nam.

Từ khi thành lập đến nay, tổ chức Đoàn thanh niên nhà trường thực sự đóng vai trò nòng cốt trong các hoạt động xây dựng tập thể lao động và tập thể học sinh xã hội chủ nghĩa của Trường, thúc đẩy các hoạt động văn thể, giáo dục đoàn viên thực hiện tốt nhiệm vụ dạy và học, hoàn thành tốt nhiệm vụ chính trị.

Đoàn TNCS Hồ Chí Minh Trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương tham gia văn nghệ chào mừng Ngày Nhà giáo Việt Nam 20/11

Trong đợt phát thẻ đoàn đầu tiên, gần 100% đoàn viên Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh của Trường được nhận thẻ. Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh nhà trường đã được nhận nhiều bằng khen của Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh các cấp về xây dựng tập thể học sinh xã hội chủ nghĩa và các phong trào do Đoàn Thanh niên Cộng sản phát động.

Tháng 5/2005, Liên Chi đoàn Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh Trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương được được thành lập, trực thuộc Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh cơ quan Trung ương Hội Liên hiệp Phụ nữ Việt Nam.

 Đoàn Thanh niên Trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương tổ chức trò chơi nhân kỷ niệm 81 năm ngày thành lập Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh 26/3/2012

Liên chi đoàn thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh Trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương đã tổ chức nhiều hoạt đông thiết thực góp phần thực hiện tốt nhiệm vụ chính trị được giao và phát huy vai trò nòng cốt của đoàn trong các hoạt động của nhà trường. Từ năm 2007-2009, Liên chi đoàn thanh niên nhà trường liên tục được tặng giấy khen, bằng khen của Đoàn khối các cơ quan Trung ương về thành tích xuất sắc trong Chiến dịch tình nguyện hè, trong công tác Đoàn và phong trào thanh niên.

 Bí thư Đoàn Trường qua các thời kỳ là các đồng chí: Trần Thị Trá, Đới Thị Minh Tình, Cao Thị Hồng Minh, Nguyễn Thị Thu Hường.

 Đại hội Đoàn Thanh niên Trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương nhiệm kỳ 2011 – 2013

Hiện nay, Liên chi đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh Trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương gồm 5 chi đoàn của cán bộ và học viên, với 165 đoàn viên. Bí thư Liên Chi đoàn là đồng chí Nguyễn Thị Thu Hường, giảng viên khoa Công tác phụ nữ của Trường.