Trong khoảng những năm đầu 1960, đế quốc Mỹ đánh phá rất ác liệt nhằm ngăn chặn liên lạc Bắc – Nam. Vì vậy, việc đưa cán bộ đi học ở miền Bắc gặp quá nhiều khó khăn. Từ tình hình trên, Ban Thường vụ Hội Liên hiệp Phụ nữ giải phóng miền Nam Việt Nam nhận định cần phải thành lập Trường nhằm bồi dưỡng nâng cao trình độ chính trị, năng lực chuyên môn cho cán bộ Hội để chị em đủ sức đảm đương nhiệm vụ cách mạng.

Phân hiệu Trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương tại thành phố Hồ Chí Minh được thành lập ngày 08/3/1969 tại rừng Lò Gò, chiến khu miền Đông Nam bộ nay thuộc huyện Tân Biên, tỉnh Tây Ninh với tên gọi ban đầu là Trường Lê Thị Riêng.
Trường có nhiệm vụ bồi dưỡng nâng cao trình độ chính trị, năng lực chuyên môn cho cán bộ Hội Liên hiệp Phụ nữ giải phóng miền Nam, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ của cách mạng miền Nam thời kỳ kháng chiến chống Mỹ cứu nước. Trong điều kiện chiến tranh ác liệt, vừa chiến đấu vừa thực hiện nhiệm vụ đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ cán bộ phụ nữ, trong điều kiện vô cùng khó khăn, gian khổ, Trường đã tổ chức duy trì liên tục các lớp học, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ cán bộ Hội và cán bộ nữ ở miền Nam, kịp thời đáp ứng yêu cầu của cách mạng miền Nam trong giai đoạn cuối của cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước, đóng góp to lớn trong sự nghiệp giải phóng miền Nam, thống nhất đất nước.
Năm 1975, sau khi miền Nam hoàn toàn giải phóng, Trường Lê Thị Riêng được chuyển địa điểm về xã Phước Bình, quận Thủ Đức, thành phố Hồ Chí Minh. Trường tiếp tục thực hiện nhiệm vụ đào tạo cấp tốc đội ngũ cán bộ Hội cho các tỉnh miền Nam về văn hoá và chính trị (nên còn gọi là Trường văn chính Lê Thị Riêng). Trường tổ chức các khoá bồi dưỡng cấp tốc về bổ túc văn hóa cấp I, nội dung lý luận chính trị sơ cấp và nghiệp vụ Công tác vận động phụ nữ.
Trường được giao nhiệm vụ bồi dưỡng cấp tốc trình độ bổ túc văn hoá cấp I, lý luận cơ bản và nghiệp vụ công tác vận động phụ nữ. Từ năm 1980, Thường vụ Trung ương Hội quyết định Trường tạm ngừng nhiệm vụ bổ túc văn hoá để bồi dưỡng chính trị và nghiệp vụ theo chương trình sơ cấp, trở thành Phân hiệu Trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương.
Đến năm 1980, Trường tạm ngừng thực hiện bổ túc văn hoá để tập trung bồi dưỡng chính trị và nghiệp vụ theo chương trình sơ cấp. Từ năm 1983, trên thực tế đa số cán bộ Hội đã hoàn thành lý luận chính trị sơ cấp ở địa phương nên Trường tập trung bồi dưỡng nghiệp vụ công tác Hội phụ nữ theo chức danh và chuyên đề gồm: Chương trình đào tạo toàn diện cho Hội trưởng, Hội phó Hội Liên hiệp phụ nữ cấp huyện/quận (thời gian học 6 tháng) và chương trình bồi dưỡng từng chuyên đề cho các chức danh Trưởng, Phó các Ban của Hội Liên hiệp phụ nữ cấp tỉnh/thành về công tác tuyên huấn, Tổ chức, Quyền lợi đời sống, Văn phòng (thời gian học 01 tháng).
          Năm 1984, Trung ương Hội Liên hiệp phụ nữ Việt Nam quyết định đổi tên trường thành Trường cán bộ Phụ nữ Trung ương phân hiệu II với nhiệm vụ tổ chức thực hiện đào tạo chương trình lý luận sơ, trung cấp theo chương trình của Trường cán bộ Phụ nữ Trung ương (tại Hà Nội). Tập thể cán bộ lãnh đạo và giáo viên, nhân viên nhà trường đã nỗ lực phấn đấu, khắc phục mọi khó khăn để thực hiện nhiệm vụ đào tạo, bồi dưỡng, đội ngũ cán bộ Hội phụ nữ.
 Năm 1987, Trường đã kết hợp với Ban Tuyên huấn Trung ương Hội Liên hiệp Phụ nữ Việt Nam tổ chức hai khóa huấn luyện tại Campuchia cho cán bộ cấp tỉnh, huyện của Hội phụ nữ Campuchia.
Xuất phát từ thực tế yêu cầu đào tạo cán bộ của các cấp Hội ở các tỉnh miền Nam, tháng 3/1989, Trung ương Hội Liên hiệp phụ nữ Việt Nam quyết định đổi tên trường thành Trường cán bộ Phụ nữ Trung ương II với nhiệm vụ tổ chức các khóa đào tạo dài hạn theo chương trình Trung cấp lý luận chính trị và nghiệp vụ phụ vận (thời gian học 2 năm, như Trường cán bộ Phụ nữ Trung ương tại Hà Nội đã thực hiện) góp phần giải quyết khó khăn của cán bộ phụ nữ ở các tỉnh phía Nam khi ra học tại Hà Nội. Năm 1990, Trường đã tổ chức khóa học đầu tiên cho Chủ tịch Hội phụ nữ cấp xã thuộc các tỉnh từ Bình Trị Thiên đến Minh Hải với hơn 200 học viên. Năm 1991, 1992, Trường đã đề nghị Bệnh viện Phụ sản Từ Dũ phối hợp tổ chức lớp đào tạo về kỹ năng chăm sóc bà mẹ – trẻ sơ sinh cho cán bộ Hội phụ nữ người dân tộc thiểu số. Từ năm 1993, Trường thực hiện nhiệm vụ hoàn chỉnh chương trình bổ túc văn hóa cấp III cho cán bộ Hội đồng thời với việc tổ chức đào tạo, bồi dưỡng nghiệp vụ công tác Hội cho đội ngũ cán bộ hội phụ nữ cơ sở tại các địa phương. Trong thời gian này, Trường đã chủ động phối hợp với các Trường và Trung tâm dạy nghề tổ chức các lớp ngoại ngữ, tin học, may công nghiệp, nữ công gia chánh và xây dựng mô hình đào tạo, liên kết với Trường chính trị để tổ chức các lớp Trung cấp lý luận chính trị và nghiệp vụ phụ vận tại các địa phương. Đặc biệt, Trường đã phối hợp với Khoa Phụ nữ học của Trường Đại học mở bán công thành phố Hồ Chí Minh tổ chức khóa đào tạo chương trình Đại học phụ nữ cho cán bộ Hội phụ nữ của các tỉnh phía Nam. Đồng thời, Trường tiếp tục thực hiện nhiệm vụ đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ cán bộ chuyên trách, cán bộ nguồn của các cấp Hội Phụ nữ của các tỉnh từ Đà Nẵng trở vào. Để đáp ứng yêu cầu của sự nghiệp đổi mới đất nước, Nhà trường đã bổ sung nội dung chương trình những vấn đề thiết thực cho phong trào phụ nữ và hoạt động của Hội như: Chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước về đổi mới cơ chế quản lý kinh tế, Quan điểm của Đảng về công tác vận động phụ nữ trong thời kỳ mới; các chính sách, luật pháp có liên quan trực tiếp đến quyền lợi của Phụ nữ và trẻ em; kiến thức quản lý doanh nghiệp nhỏ và cực nhỏ,… Hoạt động chủ yếu của Trường trong thời gian này là tổ chức các khóa đào tạo chương trình Trung cấp lý luận và nghiệp vụ phụ vận; đào tạo huấn luyện viên về doanh nghiệp nhỏ và cực nhỏ.
Từ năm 1994 phối hợp với TrườngĐại họcMở thành phố Hồ Chí Minh và Trường Đại học khoa học xã hội và nhân văn Thành phố Hồ Chí Minh tổ chức các khóa đào tạo Cử nhân Xã hội học chuyên ngành Phụ nữ học và Công tác xã hội (hệ tại chức) cho cán bộ chuyên trách công tác Hội cấp tỉnh, huyện của các địa phương phía Nam và các đối tượng khác. Đặc biệt, từ năm 1997, Trường đã tổ chức thực hiện dự án của Chính phủ Hà Lan về “Huấn luyện phụ nữ làm doanh nghiệp nhỏ và cực nhỏ”, kịp thời đáp ứng nhu cầu nâng cao kiến thức và kỹ năng quản lý kinh tế cho phụ nữ.
Nhằm thống nhất nội dung chương trình và hoạt động đào tạo, ngày 08/12/2000, Đoàn Chủ tịch Trung ương Hội Liên hiệp phụ nữ Việt Nam ra quyết định sáp nhập Trường cán bộ Phụ nữ Trung ương và Trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương II thành Trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương. Trường có trụ sở tại Hà Nội và Phân hiệu tại thành phố Hồ Chí Minh.
 Từ năm 2001, theo sự phân công của Nhà trường, Phân hiệu Trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương đã thực hiện đào tạo hệ Trung cấp và Sơ cấp chuyên ngành công tác phụ nữ và tổ chức các khóa bồi dưỡng nghiệp vụ công tác phụ nữ và các chuyên đề cho đối tượng là cán bộ Hội phụ nữ các cấp và cán bộ làm công tác phụ nữ của các ngành. Đến nay, Phân hiệu của Trường đang tiếp tục thực hiện nhiệm vụ đào tạo hệ Trung cấp và Sơ cấp ngành công tác phụ nữ, tổ chức bồi dưỡng nghiệp vụ công tác phụ nữ và tập huấn các chuyên đề. Phân hiệu đã tổ chức hoạt động liên kết đào tạo trình độ Đại học một số chuyên ngành như: Xã hội học, Công tác xã hội,… tham gia xây dựng chương trình, giáo trình và tổ chức nghiên cứu khoa học, hội thảo, hội nghị chuyên đề.
Các Giám đốc Trường (nay là Phân hiệu) qua các thời kỳ là: Lưu Hồng Thoại, Huỳnh Thị Thinh, Nguyễn Thị Châu, Đồng Thị Sinh, Đặng Hồng Nhựt, Phạm Thị Cẩn, Trần Thị Thủy, Đào Thị Tuyết Hạnh.

Phân hiệu Trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương được khánh thành năm 2011

Hiện nay, Phân hiệu có 19 giảng viên và cán bộ công nhân viên. Giám đốc Phân hiệu là Thạc sĩ Đào Thị Tuyết Hạnh – Phó Giám đốc Trường cán bộ Phụ nữ Trung ương. Ths. Trần Thị Hồng Vân là Phó giám đốc Phân hiệu kiêm phụ trách Phòng Tổ chức – Hành chính – Đào tạo.
 Phân hiệu có 02 khoa: Khoa Công tác phụ nữ và khoa Khoa học cơ bản do Ths. Lưu Thị Ngàn và Ths. Trương Thị Đẹp phụ trách và Phòng Tổ chức – Hành chính – Đào tạo.
Khóa học bồi dưỡng cán bộ Hội tại Phân hiệu Trường Cán bộ Phụ nữ TW
Hướng tới thành lập Học viện Phụ nữ Việt Nam, Phân hiệu của Trường đã hoàn tất xây dựng cơ sở vật chất đồng thời tích cực đào tạo, bồi dưỡng nâng cao trình độ cho đội ngũ giảng viên, cán bộ, công nhân viên, chuẩn bị các điều kiện cho việc thành lập Phân viện thuộc Học viện Phụ nữ Việt Nam.